Višak natrijum hlorida ili drugih soli u zemljištu ili supstratu predstavlja problem za biljku iz dva razloga.
Jedan je da dovodi do smanjenja vodnog potencijala (potencijalne energije vode) zemljišta ili supstrata, jer so može izazvati nedostatak vode u biljkama čak i kada u supstratu ima dovoljno vode. Kako vodeni potencijal zemljišta postaje negativan, razlika vodenog potencijala između zemljišta i korena se smanjuje, čime se smanjuje količina vode koju koren usvaja. Što znači kako se nivo soli u zemljištu povećava, voda iz tkiva korena se kreće tj.izlazi u zemljište da bi se uravnotežila visoka zaslanjenost. Nesposobnost biljke da povrati vodu iz slanog zemljišta zovemo osmotski stres ili fiziološki stres. Posledica ovog stresa je da dolazi do dehidratacije i biljka vene , a u nekim slučajevima, "umire" kao da je u uslovima suše. Da bi nadomestile osmotski stres, biljke upijaju soli kroz koren, što smanjuje razliku u koncentraciji rastvorene mater između biljnih tkiva i zemljišta.
Drugi razlog je taj što su natrijum i hlor toksični za biljke kada su u visokim koncentracijama jer ometaju selektivnu propustljivost ćelijskih membrana korena. Znači da visoka zaslanjenost zemljišta ili vode može prouzrokovati nakupljanje soli do toksičnih nivoa u biljnim tkivima osim ako mehanizmi unutar biljke ne ograniči unos soli.
Mnoge biljne vrste mogu da reaguju na umerenu slanost zemljišta tako što proizvode neka jedinjenja koja imaju sposobnost obnavljanja ili održavanja vodnog potencijala biljnih ćelija u poređenju sa potencijalom zemljišta, bez upuštanja toksičnih količina soli. Međutim, ovo je samo privremena pomoć ili reakcija biljke na stres. Do problema u proizvodnji na dalje, može biti mnogo više i izraženije ako stres od zaslanjenosti potraje predugo.
Tolerancija na zaslanjenost određene kulture zavisi od njene sposobnosti da izvuče vodu iz zaslanjenog zemljišta.
Visoka zaslanjenost utiče na sposobnost biljke da adekvatno koristi važne hranljive materije. Na primer , nitrati su jedno od najznačajnijih hranljivih jedinjenja, odnosno oblik azota koje biljke lako koriste za rast. Međutim, zaslanjenost dovodi do toga da se upotreba nitrata preraspodeli sa izdanaka i listova u koren biljke. Pri umerenim nivoima zaslanjenosti, ovo dovodi do povećanog rasta korena, ali do usporavanja nadzemnog dela biljke.
